Το πάρκο στο Ιόνιο, πράγματι συγκροτήθηκε ως μια ενιαία θαλάσσια περιοχή, με σαφή όρια και συγκεκριμένα μέτρα προστασίας. Αντίθετα, στο Αιγαίο η εικόνα ήταν τελείως διαφορετική. Αντί για έναν ενιαίο και οργανωμένο θαλάσσιο χώρο, προέκυψε μια αποσπασματική διάταξη διάσπαρτων περιοχών, κυρίως γύρω από τις νότιες Κυκλάδες, χωρίς ενιαία γεωγραφική και στρατηγική λογική. Το σημαντικότερο όμως, είναι αλλού, ότι η χωροθέτηση περιορίστηκε αυστηρά εντός των χωρικών υδάτων, δηλαδή πρακτικά εντός των 6 ναυτικών μιλίων.
